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小智等人此时来到了一个名为抹茶市的城市。刚到宝可梦中心，就看见了繁忙的乔伊小姐。“喂？什么，又有一只传送的宝可梦没到吗？”
“这个问题，我们会尽快解决的，十分抱歉。”
乔伊小姐刚放下电话，右边的电话又响起，刚接通乔伊小姐就拿起了另一个响起的电话。看起来有些手忙脚乱。
“这里到底发生了什么事？居然如此让乔伊小姐如此繁忙。”小刚不解道。
“对不起，你们稍微等一下。”乔伊小姐看见小智三人后说道。
“没事的，这里出现了什么状况？”小霞热心的问。
“不可能，绝对不可能，我制造的设备不会出现故障的。”远处传来了一个声音。
“可是....唉，是这样的，这里的宝可梦中心传送装置出现了故障，比如说传送一只珍惜宝可梦到达的却是鲤鱼王这类宝可梦。”乔伊小姐无奈的解释。
“这么严重的问题什么时候发生的。”小刚急切的问。
“这个从早上开始就有人不断地投诉，如果这个问题再不解决的话，宝可梦中心的声望损失不谈，训练家们的宝可梦也找不回来。情况十分紧急。”乔伊小姐十分忧愁的说着。
此时，一名穿着白色衣服，胖胖的圆脸带着眼镜盯着电脑的红点说：“原来如此，我想我找到原因了。”
“秋叶原博士，你发现了什么吗？”乔伊小姐听闻问道。
“秋叶原博士，就是那个制造宝可梦传送系统的那个秋叶原博士？”小刚兴奋地说道。
“没错，我就是秋叶原博士。我找到问题所在了。”秋叶原博士回答。
随后，秋叶原博士解释称，有一个奇怪的组织，抢走了他的3d龙零号机，他们用博士的传送机进入了电脑世界，这些宝可梦一定都是他们偷走了。
“是不是两个人和一只喵喵，穿着白色衣服还刻红色的"r"的一行人。”小智问道。
“没错，就是他们，你认识他们吗？”秋叶原博士问道。
“他们是火箭队，是专门抢夺其他人宝可梦的邪恶组织。”小智解释。
“其实我可以用一个杀毒软件，放进电脑世界，这样的话里面的人就会直接脑死亡。但是这样做的话我也成了犯罪分子。”秋叶原博士接着说。
“所以，我需要有人进入电脑世界，把这些可恶的家伙给抓出来。”秋叶原博士期待的看着小智等人，目的不要太明显。
“喂，我们可以没有义务给你帮忙，万一进入了电脑世界出不来怎么办？”小智马上拒绝了。
“没错，谁知道电脑世界里有没有危险，我也不同意进入。”小霞建议。
“放心，有这个你们一定能出来....”秋叶原博士宝可梦传送机里拿出了一个宝可梦球。
“这个是本天才发明的虚拟宝可梦3d龙初号机（多边兽）。它可以带你们进入电脑世界也能帮助你们离开电脑世界。”
“你不是说火箭队抢走了吗？”小刚疑惑道。
“我一共制造了两只3d龙宝可梦，火箭队抢走的是3d龙零号机，”秋叶原博士解释。
小智对其很感兴趣，目不转睛的盯着3d龙说：“要想我们帮忙也可以，不过我们需要一点小小的报酬。”
秋叶原博士马上反应过来，用手遮住精灵球手说：“你不会是要本天才的发明3d龙吧。”
“没错哦，秋叶原博士，你不是有两只吗，我要一只给大木博士研究研究不行吗？”
秋叶原博士想了想，“好吧，只要你们帮忙解决，又有大木博士的要求，我就答应了，希望你们能尽快打败火箭队，夺回3d龙零号机。”
随后，小智三人跟着秋叶原博士来到了它的研究所。秋叶原博士指着一个玻璃罩说，
“快进去这个传送装置。”
接着，小智等人走进玻璃罩内，在秋叶原博士的控制下，玻璃罩顶部射出一道激光，洒在3d龙、小智三人以及皮卡丘的身上。
他们慢慢的从脚部开始，一点点地消失不见。
进入电脑世界的小智等人正坐在变大的3d龙身上，飞在半空。
秋叶原博士看着消失的小智等人，马上回头看向了大屏幕。
“你们前面就是网络高速公路了，这个就是传送宝可梦球的通道，你们沿着它飞行，应该很快就能找到火箭队。”
“收到了，秋叶原博士，我们赶快去找火箭队他们。3d龙拜托你了！”
此时，火箭队三人组正在高速公路上拦截传送的精灵球。
“好多好多的精灵球，实在是大丰收啊！”
“我们好久没有这么成功过了！”
“喂，你们两个不要聊了，就我一个人在做事哎。喵。”喵喵打断了武藏和小次郎说道。
“别着急嘛，喵喵。这里只有我们进来了。”小次郎淡定的说着。
“就是就是，我们可是抢的3d龙零号机，难道还有别人会有3d龙吗？”武藏悠闲的说。
“喂，火箭队，终于找到你们了！”小智三人正骑着3d龙在空中喊道。
“是小鬼头！”x3。
“你们还真是坏事做尽，居然在电脑世界偷传送的精灵球！”小霞大声呵斥。
“可恶的小鬼头，双蛋瓦斯。上吧。”“阿柏怪你也上吧。”
只见此时3d龙双眼扫描了双蛋瓦斯，身体变为黑色冲击了双蛋瓦斯，连同阿柏怪一起撞飞到了地面的火箭队身上。
“可恶，好重啊，快起来你们，喵！”喵喵被压在最底下痛苦的说。
“这个是什么招式？”小刚疑惑道。
此时，秋叶原博士的声音传来，“这个是我的发明3d龙的独特招式，叫做变形ii（纹理ii），能将自身的属䗼改变为抵御或免疫目标使用的绝招的属䗼，这是本天才的独家发明！”
火箭队三人组也听到了秋叶原博士的声音，“感谢你的提醒，既然这样我们也用3d龙。”
武藏扔出了精灵球，同样的3d龙现身，只是尾巴上带着火箭队r的标志。
“加油，3d龙！”小智等人跳下了3d龙。
随后，两只3d龙在空中大战，一会变成矛盾对撞，一会变成铁锤，剑等等。
小智三人趁机解决了火箭队三人组，同时恢複了堵塞的网络高速公路。
“太好了，小智，宝可梦传送已经恢複了。”秋叶原博士的声音传来。
就在这个时候，3d龙零号机被击落在地面，然而3d龙初号机好像程序故障，双眼发红，朝着小霞飞去。
“危险，小霞。”小刚大喊。
此时，3d龙初号机好像失去了理智，身体不断地变形，直冲冲的朝着小霞撞去。
小智朝着小霞飞快……
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